通过甲基化检测，Danish团队确定了可以用于NIPT的潜在生物标记物

导读:一个来自南丹麦大学的研究团队使用甲基化检测的方法，确定了数组可以用于非侵入性产前诊断的表观遗传生物标记物。

在这项研究中，其结果近日发表在了《PLoS One》上，该团队是由USD的研究人员 Lotte Hatt领导的，其通过比较绒毛膜组织和产妇血液来分区胎儿特异的甲基化位点，该检测是通过使用Illumina的 Infinium HumanMethylation450 Beadchip试剂盒完成的。

研究人员确定了一些列能够在绒毛膜和孕妇血液中区分开来的CpG位点，包括位于13,18,21号染色体的标记物，并且其还有与亚微缺失或者重复综合征相关区域改变的清单。之后，他们缩小了标记物清单，剩下的标记物可以用于开发使用甲基化敏感的限制性内切酶的基于PCR的NIPT检测。

Hatt在邮件中表示，她和她的同事们之前已经进行过NIPT方面的研究，主要是在从孕妇血液中分析胎儿细胞的方面，这种方式可以通过基于PCR的非细胞DNA检测胎儿的性别。

虽然基于下一代测序的NIPT已经在一系列公司中取得了成功，但是基于NGS的NIPT策略还有些问题，即在低有力DNA片段的条件下，可能会出现实验失败，所以其对13三体和18三体的检测水平低于21三体。

“甲基化标记可以提高三体检测的特异性，并且可能能够用于微小缺失或者重复综合征的诊断，”Hatt说道。

此外，这种优势标记物的另外一个优势是，他们可以使用PCR技术而不是NGS，这能够大大降低成本和复杂性。

Hatt和她的团队的研究并不是第一个鉴定了可以用于非侵入性胎儿诊断的甲基化位点，但是到目前为止，只有一小部分位点报告具有作为诊断标记物的潜力。

在他们的研究中，Hatt和她的同事们进行了广泛的研究，以搜索能够用于NIPT的甲基化标记物，这是通过使用Illumina的beadchip技术对10名产妇的12个对应的正常的胎盘绒毛膜样本进行实验得出的。CVS和孕妇并不是同一名女性，但是她们具有匹配的胎龄和胎儿性别。

这个项目初步分析了大约144000个分化的甲基化CpG（DMCs）。该团队之后决定通过定义一个更加严格的阈值或甲基化水平来缩小这个清单，因为如果这些位点能够作为诊断标记物，那么甲基化之间的区分是需要十分显着的。通过将阈值控制在0.25以下和0.75以上，该团队获得了约6000名DMCs。

最后，他们使用了甲基化敏感的限制性内切酶来筛选适合于基于PCR的检测位点，研究人员将这些候选位点限制在了16个可用的MSREs中。他们同时也通过12个研究样品中的10个，限制了相一致的甲基化位点。

最终的结果是获得了一个958个CpG位点的清单，作者表示，这些微点是分散在整个基因组，可以用的定位在基因组上的生物标记物。

为了专门寻找能够用于胎儿非整倍性监测的标记，该团队发现了位于21号染色体上的12个DMCs，18号染色体上的6个，13号染色体上的26个。该团队还鉴定了不是13,18和21号染色体，他们感兴趣的其他基因组区域的DMCs，包括造成如 Prader-Willi，Smith-Magenis和cri-du-chat等症状的小缺失区域。

之后该团队进行了验证，该团队比较了他们和之前来自匹兹堡大学研究人员研究的DMC鉴定数据。匹兹堡大学的研究是使用Illumina bead chip实验，但是其规模较小，只覆盖了27000个CpG位点，而当前的试剂盒可以检测450000个位点，因为他们的分析主要集中在13,18,21，X和Y染色体。

而在匹兹堡团队鉴定的47个DMC中，Danish研究人员也鉴定出了44个。此外，Danish研究人员还发现，这44个位点的甲基化水平与之前的研究的结果差不多。

除了最近发表的结果以外，Hatt表示，她和她的团队也获得了另外一些DNA甲基化的数据，估计不久后她们就会发布，但是现在不适合详细的讨论。

她同时也没有提供任何关于其团队是否计划使用他们鉴定的标记物研发基于MSRE的特定检测的细节。

作者写道，在这项研究中，还需要进一步的调查来验证可以用于胎儿诊断的特定标记。

来源：转化医学网